Setsuna é um adolescente. Sua mãe o odeia, pois quando era criança, para proteger sua irmã, bateu em um vizinho universitário com um taco de beisebol até o deixar em coma. Além disso, ele ama sua irmã, mas não como irmã, e sim como uma mulher.

Coisas estranhas vêm acontecendo na vida de Setsuna. Dois evils começam a persegui-lo dizendo que ele é a reencarnação de Alexiel, um anjo. E em sua escola, alunos acabam mortos após terem jogado um game de computador chamado Angel Sanctuary.